बातम्या

गेल्या दशकात, कर्करोग संशोधन आणि क्लिनिकल प्रॅक्टिसमध्ये जीन सिक्वेन्सिंग तंत्रज्ञानाचा मोठ्या प्रमाणावर वापर केला गेला आहे, जो कर्करोगाच्या आण्विक वैशिष्ट्यांना प्रकट करण्यासाठी एक महत्त्वाचे साधन बनले आहे. आण्विक निदान आणि लक्ष्यित थेरपीमधील प्रगतीमुळे ट्यूमर अचूक थेरपी संकल्पनांच्या विकासाला चालना मिळाली आहे आणि ट्यूमर निदान आणि उपचारांच्या संपूर्ण क्षेत्रात मोठे बदल घडले आहेत. अनुवांशिक चाचणीचा वापर कर्करोगाच्या जोखमीची चेतावणी देण्यासाठी, उपचारांच्या निर्णयांचे मार्गदर्शन करण्यासाठी आणि रोगनिदान मूल्यांकन करण्यासाठी केला जाऊ शकतो आणि रुग्णांच्या क्लिनिकल परिणामांमध्ये सुधारणा करण्यासाठी हे एक महत्त्वाचे साधन आहे. येथे, आम्ही कर्करोग निदान आणि उपचारांमध्ये अनुवांशिक चाचणीच्या वापराचा आढावा घेण्यासाठी सीए कॅन्सर जे क्लिन, जेसीओ, अँन ऑन्कोल आणि इतर जर्नल्समध्ये प्रकाशित झालेल्या अलीकडील लेखांचा सारांश देतो.

सोमॅटिक उत्परिवर्तन आणि जर्मलाइन उत्परिवर्तन. सर्वसाधारणपणे, कर्करोग हा डीएनए उत्परिवर्तनांमुळे होतो जो पालकांकडून वारशाने मिळू शकतो (जर्मलाइन उत्परिवर्तन) किंवा वयानुसार प्राप्त होऊ शकतो (सोमॅटिक उत्परिवर्तन). जर्मलाइन उत्परिवर्तन जन्मापासूनच असते आणि उत्परिवर्तक सामान्यतः शरीरातील प्रत्येक पेशीच्या डीएनएमध्ये उत्परिवर्तन वाहतो आणि संततीमध्ये संक्रमित होऊ शकतो. सोमॅटिक उत्परिवर्तन हे गैर-गेमेटिक पेशींमधील व्यक्तींद्वारे प्राप्त केले जातात आणि सामान्यतः संततीमध्ये संक्रमित होत नाहीत. जर्मलाइन आणि सोमॅटिक उत्परिवर्तन दोन्ही पेशींच्या सामान्य कार्यात्मक क्रियाकलापांना नष्ट करू शकतात आणि पेशींचे घातक परिवर्तन घडवून आणू शकतात. सोमॅटिक उत्परिवर्तन हे घातकतेचे एक प्रमुख चालक आहेत आणि ऑन्कोलॉजीमध्ये सर्वात भाकित करणारे बायोमार्कर आहेत; तथापि, अंदाजे 10 ते 20 टक्के ट्यूमर रुग्णांमध्ये जर्मलाइन उत्परिवर्तन असतात जे त्यांच्या कर्करोगाचा धोका लक्षणीयरीत्या वाढवतात आणि यापैकी काही उत्परिवर्तन उपचारात्मक देखील असतात.
ड्रायव्हर उत्परिवर्तन आणि प्रवासी उत्परिवर्तन. सर्व डीएनए प्रकार पेशींच्या कार्यावर परिणाम करत नाहीत; सामान्य पेशी ऱ्हास होण्यास "ड्रायव्हर उत्परिवर्तन" म्हणून ओळखल्या जाणाऱ्या सरासरी पाच ते दहा जीनोमिक घटना लागतात. ड्रायव्हर उत्परिवर्तन बहुतेकदा पेशींच्या जीवनाशी जवळून संबंधित असलेल्या जीन्समध्ये होतात, जसे की पेशींच्या वाढीचे नियमन, डीएनए दुरुस्ती, पेशी चक्र नियंत्रण आणि इतर जीवन प्रक्रियांमध्ये सहभागी असलेली जीन्स आणि उपचारात्मक लक्ष्य म्हणून वापरण्याची क्षमता असते. तथापि, कोणत्याही कर्करोगात उत्परिवर्तनांची एकूण संख्या बरीच मोठी असते, काही स्तनाच्या कर्करोगात काही हजारांपासून ते काही अत्यंत परिवर्तनशील कोलोरेक्टल आणि एंडोमेट्रियल कर्करोगात 100,000 पेक्षा जास्त असते. बहुतेक उत्परिवर्तनांना कोणतेही किंवा मर्यादित जैविक महत्त्व नसते, जरी उत्परिवर्तन कोडिंग क्षेत्रात घडले तरीही, अशा क्षुल्लक उत्परिवर्तन घटनांना "प्रवासी उत्परिवर्तन" म्हणतात. जर एखाद्या विशिष्ट ट्यूमर प्रकारातील जनुक प्रकार उपचारांना त्याच्या प्रतिसादाचा किंवा प्रतिकाराचा अंदाज लावत असेल, तर तो प्रकार वैद्यकीयदृष्ट्या कार्यक्षम मानला जातो.
ऑन्कोजीन्स आणि ट्यूमर सप्रेसर जीन्स. कर्करोगात वारंवार उत्परिवर्तित होणाऱ्या जीन्सना साधारणपणे दोन श्रेणींमध्ये विभागता येते, ऑन्कोजीन्स आणि ट्यूमर सप्रेसर जीन्स. सामान्य पेशींमध्ये, ऑन्कोजीन्सद्वारे एन्कोड केलेले प्रथिने प्रामुख्याने पेशींच्या प्रसाराला चालना देण्याची आणि पेशींच्या एपोप्टोसिसला रोखण्याची भूमिका बजावतात, तर ऑन्कोसप्रेसर जीन्सद्वारे एन्कोड केलेले प्रथिने सामान्य पेशींचे कार्य राखण्यासाठी पेशी विभाजनाचे नकारात्मक नियमन करण्यासाठी प्रामुख्याने जबाबदार असतात. घातक परिवर्तन प्रक्रियेत, जीनोमिक उत्परिवर्तनामुळे ऑन्कोजीन क्रियाकलाप वाढतो आणि ऑन्कोसप्रेसर जीन क्रियाकलाप कमी होतो किंवा कमी होतो.
लहान भिन्नता आणि संरचनात्मक भिन्नता. जीनोममधील उत्परिवर्तनांचे हे दोन मुख्य प्रकार आहेत. लहान भिन्नता डीएनएमध्ये बदल घडवून आणतात, कमी करतात किंवा कमी संख्येने बेस जोडतात, ज्यामध्ये बेस इन्सर्शन, डिलीशन, फ्रेमशिफ्ट, स्टार्ट कोडॉन लॉस, स्टॉप कोडॉन लॉस म्युटेशन इत्यादींचा समावेश होतो. स्ट्रक्चरल भिन्नता ही एक मोठी जीनोम पुनर्रचना आहे, ज्यामध्ये काही हजार बेसपासून ते बहुतेक गुणसूत्रांपर्यंत आकाराचे जीन विभाग समाविष्ट असतात, ज्यामध्ये जीन कॉपी नंबर बदल, क्रोमोसोम डिलीशन, डुप्लिकेशन, इनव्हर्जन किंवा ट्रान्सलोकेशन समाविष्ट असते. या उत्परिवर्तनांमुळे प्रथिनांच्या कार्यात घट किंवा वाढ होऊ शकते. वैयक्तिक जनुकांच्या पातळीवर बदलांव्यतिरिक्त, जीनोमिक स्वाक्षरी देखील क्लिनिकल सिक्वेन्सिंग रिपोर्टचा भाग आहेत. जीनोमिक स्वाक्षरी लहान आणि/किंवा संरचनात्मक भिन्नतेचे जटिल नमुने म्हणून पाहिले जाऊ शकतात, ज्यामध्ये ट्यूमर उत्परिवर्तन लोड (TMB), मायक्रोसॅटेलाइट अस्थिरता (MSI) आणि होमोलोगस रीकॉम्बिनेशन दोष समाविष्ट आहेत.

क्लोनल उत्परिवर्तन आणि सबक्लोनल उत्परिवर्तन. क्लोनल उत्परिवर्तन सर्व ट्यूमर पेशींमध्ये असतात, निदानाच्या वेळी उपस्थित असतात आणि उपचारांच्या प्रगतीनंतरही उपस्थित राहतात. म्हणून, क्लोनल उत्परिवर्तनांमध्ये ट्यूमर उपचारात्मक लक्ष्य म्हणून वापरण्याची क्षमता असते. सबक्लोनल उत्परिवर्तन केवळ कर्करोगाच्या पेशींच्या एका उपसमूहात असतात आणि निदानाच्या सुरुवातीला ते आढळू शकतात, परंतु नंतरच्या पुनरावृत्तीसह अदृश्य होतात किंवा उपचारानंतरच दिसून येतात. कर्करोग विषमता म्हणजे एकाच कर्करोगात अनेक सबक्लोनल उत्परिवर्तनांची उपस्थिती. उल्लेखनीय म्हणजे, सर्व सामान्य कर्करोग प्रजातींमध्ये बहुतेक क्लिनिकली महत्त्वपूर्ण ड्रायव्हर उत्परिवर्तन हे क्लोनल उत्परिवर्तन असतात आणि कर्करोगाच्या प्रगतीदरम्यान स्थिर राहतात. प्रतिकार, जो बहुतेकदा सबक्लोन्सद्वारे मध्यस्थी केला जातो, निदानाच्या वेळी शोधला जाऊ शकत नाही परंतु उपचारानंतर तो पुन्हा होतो तेव्हा दिसून येतो.

पारंपारिक तंत्र FISH किंवा सेल कॅरिओटाइपचा वापर गुणसूत्र पातळीवर बदल शोधण्यासाठी केला जातो. FISH चा वापर जनुक संलयन, डिलीशन आणि अॅम्प्लिफिकेशन शोधण्यासाठी केला जाऊ शकतो आणि उच्च अचूकता आणि संवेदनशीलता परंतु मर्यादित थ्रूपुटसह अशा प्रकारांचा शोध घेण्यासाठी "सुवर्ण मानक" मानले जाते. काही रक्तविज्ञानविषयक घातक आजारांमध्ये, विशेषतः तीव्र ल्युकेमियामध्ये, निदान आणि रोगनिदान मार्गदर्शन करण्यासाठी कॅरिओटाइपिंगचा वापर अजूनही केला जातो, परंतु ही तंत्र हळूहळू FISH, WGS आणि NGS सारख्या लक्ष्यित आण्विक चाचण्यांद्वारे बदलले जात आहे.
वैयक्तिक जनुकांमधील बदल पीसीआर, रिअल-टाइम पीसीआर आणि डिजिटल ड्रॉप पीसीआर दोन्हीद्वारे शोधले जाऊ शकतात. या तंत्रांमध्ये उच्च संवेदनशीलता आहे, विशेषतः लहान अवशिष्ट जखमांच्या शोध आणि देखरेखीसाठी योग्य आहेत आणि तुलनेने कमी वेळेत परिणाम मिळवू शकतात, गैरसोय म्हणजे शोध श्रेणी मर्यादित आहे (सामान्यतः फक्त एक किंवा काही जनुकांमध्ये उत्परिवर्तन शोधतात), आणि अनेक चाचण्या करण्याची क्षमता मर्यादित आहे.
इम्युनोहिस्टोकेमिस्ट्री (IHC) हे एक प्रथिने-आधारित देखरेख साधन आहे जे सामान्यतः ERBB2 (HER2) आणि इस्ट्रोजेन रिसेप्टर्स सारख्या बायोमार्कर्सच्या अभिव्यक्ती शोधण्यासाठी वापरले जाते. IHC चा वापर विशिष्ट उत्परिवर्तित प्रथिने (जसे की BRAF V600E) आणि विशिष्ट जीन फ्यूजन (जसे की ALK फ्यूजन) शोधण्यासाठी देखील केला जाऊ शकतो. IHC चा फायदा असा आहे की ते नियमित ऊती विश्लेषण प्रक्रियेत सहजपणे एकत्रित केले जाऊ शकते, म्हणून ते इतर चाचण्यांसह एकत्र केले जाऊ शकते. याव्यतिरिक्त, IHC सबसेल्युलर प्रोटीन स्थानिकीकरणाबद्दल माहिती प्रदान करू शकते. तोटे मर्यादित स्केलेबिलिटी आणि उच्च संघटनात्मक मागणी आहेत.
दुसऱ्या पिढीतील अनुक्रम (NGS) NGS डीएनए आणि/किंवा आरएनए स्तरावरील फरक शोधण्यासाठी उच्च-थ्रूपुट समांतर अनुक्रम तंत्रांचा वापर करते. या तंत्राचा वापर संपूर्ण जीनोम (WGS) आणि आवडीच्या जीन क्षेत्रांना अनुक्रमित करण्यासाठी केला जाऊ शकतो. WGS सर्वात व्यापक जीनोमिक उत्परिवर्तन माहिती प्रदान करते, परंतु त्याच्या क्लिनिकल अनुप्रयोगात अनेक अडथळे आहेत, ज्यामध्ये ताज्या ट्यूमर टिशू नमुन्यांची आवश्यकता (WGS अद्याप फॉर्मेलिन-अचल नमुन्यांचे विश्लेषण करण्यासाठी योग्य नाही) आणि उच्च किंमत यांचा समावेश आहे.
लक्ष्यित एनजीएस सिक्वेन्सिंगमध्ये संपूर्ण एक्सॉन सिक्वेन्सिंग आणि लक्ष्य जीन पॅनेल समाविष्ट आहे. या चाचण्या डीएनए प्रोब किंवा पीसीआर अॅम्प्लिफिकेशनद्वारे स्वारस्य असलेल्या क्षेत्रांना समृद्ध करतात, ज्यामुळे आवश्यक असलेल्या सिक्वेन्सिंगची संख्या मर्यादित होते (संपूर्ण एक्सोम जीनोमचा 1 ते 2 टक्के भाग बनवते आणि 500 ​​जीन्स असलेले मोठे पॅनेल देखील जीनोमचा फक्त 0.1 टक्के भाग बनवतात). जरी संपूर्ण एक्सॉन सिक्वेन्सिंग फॉर्मेलिन-फिक्स्ड टिश्यूजमध्ये चांगले कार्य करते, तरीही त्याची किंमत जास्त राहते. लक्ष्य जीन संयोजन तुलनेने किफायतशीर आहेत आणि चाचणीसाठी जीन्स निवडण्यात लवचिकता प्रदान करतात. याव्यतिरिक्त, कर्करोगाच्या रुग्णांच्या जीनोमिक विश्लेषणासाठी परिसंचरण मुक्त डीएनए (सीएफडीएनए) एक नवीन पर्याय म्हणून उदयास येत आहे, ज्याला द्रव बायोप्सी म्हणतात. कर्करोगाच्या पेशी आणि सामान्य पेशी दोन्ही रक्तप्रवाहात डीएनए सोडू शकतात आणि कर्करोगाच्या पेशींमधून बाहेर पडणाऱ्या डीएनएला परिसंचरण ट्यूमर डीएनए (सीटीडीएनए) म्हणतात, ज्याचे विश्लेषण ट्यूमर पेशींमध्ये संभाव्य उत्परिवर्तन शोधण्यासाठी केले जाऊ शकते.
चाचणीची निवड ही कोणत्या विशिष्ट क्लिनिकल समस्येवर लक्ष केंद्रित करायचे यावर अवलंबून असते. मान्यताप्राप्त उपचारांशी संबंधित बहुतेक बायोमार्कर FISH, IHC आणि PCR तंत्रांद्वारे शोधले जाऊ शकतात. या पद्धती कमी प्रमाणात बायोमार्कर शोधण्यासाठी वाजवी आहेत, परंतु वाढत्या थ्रूपुटसह ते शोधण्याची कार्यक्षमता सुधारत नाहीत आणि जर खूप जास्त बायोमार्कर आढळले तर शोधण्यासाठी पुरेसे ऊतक नसू शकतात. काही विशिष्ट कर्करोगांमध्ये, जसे की फुफ्फुसाचा कर्करोग, जिथे ऊतींचे नमुने मिळवणे कठीण असते आणि चाचणी करण्यासाठी अनेक बायोमार्कर असतात, NGS वापरणे हा एक चांगला पर्याय आहे. शेवटी, परख करण्याची निवड प्रत्येक रुग्णासाठी चाचणी करायच्या बायोमार्करची संख्या आणि बायोमार्करसाठी चाचणी करायच्या रुग्णांच्या संख्येवर अवलंबून असते. काही प्रकरणांमध्ये, IHC/FISH चा वापर पुरेसा असतो, विशेषतः जेव्हा लक्ष्य ओळखले गेले असते, जसे की स्तनाच्या कर्करोगाच्या रुग्णांमध्ये इस्ट्रोजेन रिसेप्टर्स, प्रोजेस्टेरॉन रिसेप्टर्स आणि ERBB2 चा शोध. जर जीनोमिक उत्परिवर्तनांचा अधिक व्यापक शोध आणि संभाव्य उपचारात्मक लक्ष्यांचा शोध आवश्यक असेल, तर NGS अधिक व्यवस्थित आणि किफायतशीर आहे. याव्यतिरिक्त, ज्या प्रकरणांमध्ये IHC/FISH निकाल संदिग्ध किंवा अनिर्णीत आहेत अशा प्रकरणांमध्ये NGS चा विचार केला जाऊ शकतो..

कोणत्या रुग्णांना अनुवांशिक चाचणीसाठी पात्र ठरवावे याबद्दल वेगवेगळी मार्गदर्शक तत्त्वे मार्गदर्शन करतात. २०२० मध्ये, ESMO प्रिसिजन मेडिसिन वर्किंग ग्रुपने प्रगत कर्करोग असलेल्या रुग्णांसाठी पहिल्या NGS चाचणी शिफारसी जारी केल्या, ज्यामध्ये प्रगत नॉन-स्क्वॅमस नॉन-स्मॉल सेल फुफ्फुस कर्करोग, प्रोस्टेट कर्करोग, कोलोरेक्टल कर्करोग, पित्त नलिका कर्करोग आणि गर्भाशयाच्या कर्करोगाच्या ट्यूमर नमुन्यांसाठी नियमित NGS चाचणीची शिफारस केली गेली आणि २०२४ मध्ये, ESMO ने या आधारावर अद्यतनित केले, स्तनाचा कर्करोग आणि दुर्मिळ ट्यूमर समाविष्ट करण्याची शिफारस केली. जसे की गॅस्ट्रोइंटेस्टाइनल स्ट्रोमल ट्यूमर, सारकोमा, थायरॉईड कर्करोग आणि अज्ञात मूळचे कर्करोग.
२०२२ मध्ये, मेटास्टॅटिक किंवा अॅडव्हान्स्ड कॅन्सर असलेल्या रुग्णांमध्ये सोमॅटिक जीनोम टेस्टिंगवरील ASCO च्या क्लिनिकल ओपिनियनमध्ये असे म्हटले आहे की जर मेटास्टॅटिक किंवा अॅडव्हान्स्ड सॉलिड ट्यूमर असलेल्या रुग्णांमध्ये बायोमार्करशी संबंधित थेरपी मंजूर झाली तर या रुग्णांसाठी अनुवांशिक चाचणीची शिफारस केली जाते. उदाहरणार्थ, BRAF V600E उत्परिवर्तनांसाठी स्क्रीन करण्यासाठी मेटास्टॅटिक मेलेनोमा असलेल्या रुग्णांमध्ये जीनोमिक चाचणी केली पाहिजे, कारण या संकेतासाठी RAF आणि MEK इनहिबिटरना मान्यता आहे. याव्यतिरिक्त, रुग्णाला औषध देण्यासाठी प्रतिकाराचे स्पष्ट मार्कर असल्यास अनुवांशिक चाचणी देखील केली पाहिजे. उदाहरणार्थ, KRAS उत्परिवर्तित कोलोरेक्टल कर्करोगात एग्फ्रमॅब अप्रभावी आहे. जीन सिक्वेन्सिंगसाठी रुग्णाची योग्यता विचारात घेताना, रुग्णाची शारीरिक स्थिती, सह-रोग आणि ट्यूमर स्टेज एकत्रित केले पाहिजे, कारण जीनोम सिक्वेन्सिंगसाठी आवश्यक असलेल्या चरणांची मालिका, ज्यामध्ये रुग्णाची संमती, प्रयोगशाळेची प्रक्रिया आणि सिक्वेन्सिंग निकालांचे विश्लेषण यांचा समावेश आहे, रुग्णाला पुरेशी शारीरिक क्षमता आणि आयुर्मान असणे आवश्यक आहे.
सोमॅटिक म्युटेशन्स व्यतिरिक्त, काही कर्करोगांची जर्मलाइन जीन्ससाठी देखील चाचणी केली पाहिजे. जर्मलाइन म्युटेशन्सची चाचणी स्तन, डिम्बग्रंथि, प्रोस्टेट आणि स्वादुपिंडाच्या कर्करोगातील BRCA1 आणि BRCA2 म्युटेशन्स सारख्या कर्करोगांसाठी उपचारांच्या निर्णयांवर परिणाम करू शकते. जर्मलाइन म्युटेशन्सचा रुग्णांमध्ये भविष्यातील कर्करोग तपासणी आणि प्रतिबंधासाठी देखील परिणाम होऊ शकतो. जर्मलाइन म्युटेशन्ससाठी चाचणीसाठी संभाव्यतः योग्य असलेल्या रुग्णांना काही अटी पूर्ण करणे आवश्यक आहे, ज्यामध्ये कर्करोगाचा कौटुंबिक इतिहास, निदानाच्या वेळी वय आणि कर्करोगाचा प्रकार यासारखे घटक समाविष्ट आहेत. तथापि, जर्मलाइनमध्ये रोगजनक म्युटेशन्स असलेले बरेच रुग्ण (50% पर्यंत) कौटुंबिक इतिहासावर आधारित जर्मलाइन म्युटेशन्ससाठी चाचणीसाठी पारंपारिक निकष पूर्ण करत नाहीत. म्हणून, उत्परिवर्तन वाहकांची ओळख जास्तीत जास्त करण्यासाठी, नॅशनल कॉम्प्रिहेन्सिव्ह कॅन्सर नेटवर्क (NCCN) शिफारस करते की स्तन, डिम्बग्रंथि, एंडोमेट्रियल, पॅनक्रियाटिक, कोलोरेक्टल किंवा प्रोस्टेट कर्करोग असलेल्या सर्व किंवा बहुतेक रुग्णांची जर्मलाइन म्युटेशन्ससाठी चाचणी केली पाहिजे.
अनुवांशिक चाचणीच्या वेळेबाबत, बहुतेक वैद्यकीयदृष्ट्या महत्त्वपूर्ण चालक उत्परिवर्तन क्लोनल असतात आणि कर्करोगाच्या प्रगतीदरम्यान तुलनेने स्थिर असतात, त्यामुळे प्रगत कर्करोगाचे निदान होताना रुग्णांवर अनुवांशिक चाचणी करणे उचित आहे. त्यानंतरच्या अनुवांशिक चाचणीसाठी, विशेषतः आण्विक लक्ष्यित थेरपीनंतर, ट्यूमर टिश्यू डीएनएपेक्षा सीटीडीएनए चाचणी अधिक फायदेशीर आहे, कारण रक्त डीएनएमध्ये सर्व ट्यूमर जखमांमधून डीएनए असू शकतो, जे ट्यूमर विषमतेबद्दल माहिती मिळविण्यासाठी अधिक अनुकूल आहे.
उपचारानंतर ctDNA चे विश्लेषण केल्यास उपचारांना ट्यूमरचा प्रतिसाद कसा आहे याचा अंदाज येऊ शकतो आणि मानक इमेजिंग पद्धतींपेक्षा लवकर रोगाची प्रगती ओळखता येते. तथापि, उपचारांच्या निर्णयांचे मार्गदर्शन करण्यासाठी या डेटाचा वापर करण्याचे प्रोटोकॉल स्थापित केलेले नाहीत आणि क्लिनिकल चाचण्यांशिवाय ctDNA विश्लेषणाची शिफारस केली जात नाही. रॅडिकल ट्यूमर शस्त्रक्रियेनंतर लहान अवशिष्ट जखमांचे मूल्यांकन करण्यासाठी ctDNA देखील वापरला जाऊ शकतो. शस्त्रक्रियेनंतर ctDNA चाचणी ही त्यानंतरच्या रोगाच्या प्रगतीचा एक मजबूत अंदाज आहे आणि रुग्णाला सहायक केमोथेरपीचा फायदा होईल की नाही हे निर्धारित करण्यात मदत करू शकते, परंतु तरीही सहायक केमोथेरपी निर्णयांचे मार्गदर्शन करण्यासाठी क्लिनिकल चाचण्यांव्यतिरिक्त ctDNA वापरण्याची शिफारस केलेली नाही.

डेटा प्रोसेसिंग जीनोम सिक्वेन्सिंगमधील पहिले पाऊल म्हणजे रुग्णांच्या नमुन्यांमधून डीएनए काढणे, लायब्ररी तयार करणे आणि कच्चा सिक्वेन्सिंग डेटा तयार करणे. कच्चा डेटा पुढील प्रक्रिया आवश्यक आहे, ज्यामध्ये कमी-गुणवत्तेचा डेटा फिल्टर करणे, संदर्भ जीनोमशी त्याची तुलना करणे, वेगवेगळ्या विश्लेषणात्मक अल्गोरिदमद्वारे वेगवेगळ्या प्रकारचे उत्परिवर्तन ओळखणे, प्रथिने भाषांतरावर या उत्परिवर्तनांचा परिणाम निश्चित करणे आणि जर्म लाइन उत्परिवर्तन फिल्टर करणे समाविष्ट आहे.
ड्रायव्हर जीन अ‍ॅनोटेशन ड्रायव्हर आणि पॅसेंजर म्युटेशनमध्ये फरक करण्यासाठी डिझाइन केले आहे. ड्रायव्हर म्युटेशनमुळे ट्यूमर सप्रेसर जीन अ‍ॅक्टिव्हिटी कमी होते किंवा वाढते. ट्यूमर सप्रेसर जीन्स निष्क्रिय होण्यास कारणीभूत असलेल्या लहान प्रकारांमध्ये नॉनसेन्स म्युटेशन, फ्रेमशिफ्ट म्युटेशन आणि की स्प्लिसिंग साइट म्युटेशन तसेच कमी वारंवार स्टार्ट कोडॉन डिलीशन, स्टॉप कोडॉन डिलीशन आणि इंटरॉन इन्सर्शन/डिलीशन म्युटेशनची विस्तृत श्रेणी समाविष्ट आहे. याव्यतिरिक्त, मिसेन्स म्युटेशन आणि लहान इंट्रॉन इन्सर्शन/डिलीशन म्युटेशनमुळे महत्त्वाच्या फंक्शनल डोमेनवर परिणाम करताना ट्यूमर सप्रेसर जीन अ‍ॅक्टिव्हिटी कमी होऊ शकते. ट्यूमर सप्रेसर जीन अ‍ॅक्टिव्हिटी कमी होण्यास कारणीभूत असलेल्या स्ट्रक्चरल व्हेरिएंटमध्ये आंशिक किंवा पूर्ण जीन डिलीशन आणि जीन रीडिंग फ्रेमचा नाश होण्यास कारणीभूत असलेल्या इतर जीनोमिक व्हेरिएंटचा समावेश आहे. ऑन्कोजीन्सच्या वर्धित कार्याकडे नेणाऱ्या लहान प्रकारांमध्ये मिसेन्स म्युटेशन आणि अधूनमधून इंट्रॉन इन्सर्शन/डिलीशनचा समावेश आहे जे महत्त्वाच्या प्रोटीन फंक्शनल डोमेनला लक्ष्य करतात. क्वचित प्रसंगी, प्रोटीन ट्रंकेशन किंवा स्प्लिसिंग साइट म्युटेशनमुळे ऑन्कोजीन्स सक्रिय होऊ शकतात. ऑन्कोजीन अ‍ॅक्टिव्हेशनला कारणीभूत असलेल्या स्ट्रक्चरल व्हेरिएंटमध्ये जीन फ्यूजन, जीन डिलीशन आणि जीन डुप्लिकेशन यांचा समावेश आहे.
जीनोमिक भिन्नतेचे क्लिनिकल अर्थ लावणे ओळखल्या गेलेल्या उत्परिवर्तनांचे क्लिनिकल महत्त्व मूल्यांकन करते, म्हणजेच त्यांचे संभाव्य निदानात्मक, रोगनिदानविषयक किंवा उपचारात्मक मूल्य. जीनोमिक भिन्नतेच्या क्लिनिकल अर्थ लावण्यासाठी अनेक पुराव्यावर आधारित ग्रेडिंग सिस्टम वापरल्या जाऊ शकतात.
मेमोरियल स्लोन-केटरिंग कॅन्सर सेंटरचा प्रिसिजन मेडिसिन ऑन्कोलॉजी डेटाबेस (ऑनकोकेबी) औषधांच्या वापरासाठी त्यांच्या भाकित मूल्याच्या आधारावर जीन प्रकारांचे चार स्तरांमध्ये वर्गीकरण करतो: लेव्हल १/२, एफडीए-मंजूर, किंवा क्लिनिकली-स्टँडर्ड बायोमार्कर जे मान्यताप्राप्त औषधाला विशिष्ट संकेताच्या प्रतिसादाचा अंदाज लावतात; लेव्हल ३, एफडीए-मंजूर किंवा मान्यताप्राप्त नसलेले बायोमार्कर जे क्लिनिकल चाचण्यांमध्ये आशादायक दर्शविलेल्या नवीन लक्ष्यित औषधांना प्रतिसादाचा अंदाज लावतात आणि लेव्हल ४, एफडीए-मंजूर नसलेले बायोमार्कर जे क्लिनिकल चाचण्यांमध्ये खात्रीशीर जैविक पुरावे दर्शविलेल्या नवीन लक्ष्यित औषधांना प्रतिसादाचा अंदाज लावतात. उपचार प्रतिकाराशी संबंधित पाचवा उपसमूह जोडण्यात आला.
अमेरिकन सोसायटी फॉर मॉलिक्युलर पॅथॉलॉजी (एएमपी)/अमेरिकन सोसायटी ऑफ क्लिनिकल ऑन्कोलॉजी (एएससीओ)/कॉलेज ऑफ अमेरिकन पॅथॉलॉजिस्ट (सीएपी) यांच्या सोमॅटिक व्हेरिएशनच्या व्याख्यासाठीच्या मार्गदर्शक तत्त्वांमध्ये सोमॅटिक व्हेरिएशनचे चार श्रेणींमध्ये विभाजन केले आहे: ग्रेड I, मजबूत क्लिनिकल महत्त्वासह; ग्रेड II, संभाव्य क्लिनिकल महत्त्वसह; ग्रेड III, क्लिनिकल महत्त्व अज्ञात; ग्रेड IV, क्लिनिकलदृष्ट्या महत्त्वपूर्ण म्हणून ज्ञात नाही. उपचारांच्या निर्णयांसाठी फक्त ग्रेड I आणि II प्रकार मौल्यवान आहेत.
ESMO चे मॉलिक्युलर टार्गेट क्लिनिकल ऑपरेबिलिटी स्केल (ESCAT) जीन प्रकारांना सहा स्तरांमध्ये वर्गीकृत करते: स्तर I, नियमित वापरासाठी योग्य लक्ष्ये; टप्पा II, एक लक्ष्य ज्याचा अद्याप अभ्यास केला जात आहे, तो लक्ष्यित औषधाचा फायदा घेऊ शकणाऱ्या रुग्णांच्या संख्येची तपासणी करण्यासाठी वापरला जाण्याची शक्यता आहे, परंतु त्याला समर्थन देण्यासाठी अधिक डेटा आवश्यक आहे. श्रेणी III, लक्ष्यित जीन प्रकार ज्यांनी इतर कर्करोग प्रजातींमध्ये क्लिनिकल फायदा दर्शविला आहे; श्रेणी IV, केवळ प्रीक्लिनिकल पुराव्यांद्वारे समर्थित लक्ष्यित जीन प्रकार; श्रेणी V मध्ये, उत्परिवर्तनाला लक्ष्य करण्याच्या क्लिनिकल महत्त्वाचे समर्थन करणारे पुरावे आहेत, परंतु लक्ष्याविरुद्ध एकल-औषध थेरपी जगण्याची क्षमता वाढवत नाही किंवा संयोजन उपचार धोरण स्वीकारले जाऊ शकते; श्रेणी X, क्लिनिकल मूल्याचा अभाव.